Fshirja në një Binary Search Tree (BST) është më komplekse sesa kërkimi ose futja, sepse duhet të ruhet struktura dhe rregulli i kërkimit pas largimit të një nyje. Tre rastet e fshirjes: 1. Nyja është fletë (pa fëmijë): E thjeshtë: vetëm hiqet. 2. Nyja ka një fëmijë: Prindi i saj lidhet direkt me fëmijën, duke “anashkaluar” nyjën që fshihet. 3. Nyja ka dy fëmijë: Zëvendësohet me: vlerën më të vogël nga nënpema e djathtë (pasardhësi më i vogël i madh), ose vlerën më të madhe nga nënpema e majtë (pararendësi më i madh i vogël).